Flipboard'un konu etiketleme algoritması, bir makale içinde yer alan belirli kelimeleri algılar ve bunlara en uygun şekilde #konu etiketlerini atar. Flipboard'da yayınlanan tüm makaleleri etiketlemeye çalışan algoritma iyi bir iş çıkarsa da, mükemmel değildir. Konu algoritmamız, zaman zaman en iyi konu etiketini bulamayabilir ancak uyguladığı kural sürekli olarak evrilmektedir. Sonuç olarak algoritma makaleleri yanlış şekilde etiketleyebilir, etiketlenen makaleler yayıncının tercih ettiği #konu etiketiyle örtüşmeyebilir ve hatta bazen hiç etiketlenmeyebilir.

Mevcut durumda kullanıcıların manüel olarak konu etiketi ataması özelliği bulunmuyor ancak kullanıma sokmayı düşünebiliriz.